I Nestlings antar spelarna rollen som fåglar som tävlar om att få prioritet över fyra biom: savann, alpin, sötvatten och öken. Varje runda slår spelarna sina biomtärningar och placerar sedan tärningarna i biomen en i taget, alternerande medsols. När spelarna har placerat alla sina tärningar eller valt att inte spela i rundan är varje biom avgjort. Spelaren som först placerade tärningar i ett visst biom får prioritet och skördar frukterna av att göra det: välja en resurs först och kasta en resurs för att omintetgöra motståndarnas planer. Men om en annan spelare placerar fler av sina biomtärningar i samma biom, får den spelaren prioritet. När prioritetsordningen har fastställts för biomet, gör spelarna anspråk på resurser för att mata sina ungar och får matchande segment att lägga till i sin resursring på sin spelarplan. När alla biomer har lösts, inklusive biomen med vilda gräsmarker i mitten av planen, får spelarna poäng baserat på hur många ungar de matade och hur många segment som finns i deras resursring, oavsett vilken runda de tilldelades. Allt eftersom spelet fortskrider ökar spänningen då spelarna måste fatta viktiga beslut längs vägen, beslut som kan säkra seger eller leda till förlust. Kommer de att mata sina ungar för mer omedelbara poäng, eller ta en annan resurs för att slutföra en del av sin resursring, och därmed tjäna en bonus och utlösa en kraftfull kedjereaktion? Kommer de att använda spelvaluta för att aktivera ett annat mål för ett bo i slutet av spelet eller spara den för segerpoäng? Kommer de att placera en andra tärning för att säkra prioritet eller riskera det och bege sig till ett annat biom för att ta andra välbehövliga rester? I slutet av rundan fyra avslutas spelet och spelarna avslöjar sina mål för ett bo i slutspelet och räknar sina poäng.